Millî Mücadele yıllarında karargâh olarak kullanılan bina, 1947-1988 yılları arasında belediye binası olarak hizmet vermiştir. 1987 yılında müze müdürlüğünün kurulmasından sonra yenileme çalışmalarına hız verilmiş ve eser toplama çalışmaları bitirildikten sonra bina Balıkesir Kuvayi Milliye Müzesi olarak 6 Eylül 1996 tarihinde hizmete açılmıştır.
Fotoğraf: Official Turkish Museums
İki kattan oluşan Kuva-yi Milliye Müzesi’nin 120 metrekarelik zemin katında Balıkesir’de Kuva-yi Milliye’nin kurulmasına öncülük etmiş 41 kişinin aldıkları yazılı kararlar, kongrenin kararları, bu kahramanların kişisel eşyaları, fotoğrafları ile Mustafa Kemal Atatürk ile eşi Latife Hanım’ın balmumu heykelleri sergilenmektedir.
Fotoğraf: Official Turkish Museums
Müzenin ikinci katında ise Balıkesir’de ortaya çıkan arkeolojik ve etnografik eserlere yer verilmektedir.